ВПП Череповец закреплен за Санкт-Петербургским филиалом ФГКУ Росранстрой.
Пункт пропуска Череповец установлен как работающий на регулярной основе Распоряжением Правительства № 132-р от 06.12.2012. 1 июля 2013 года в пункте пропуска состоялась работа Межведомственной комиссии по проверке соответствия пункта пропуска требованиям к строительству, реконструкции, оборудованию и техническому оснащению зданий, помещений и сооружений, необходимых для организации пограничного, таможенного и иных видов контроля. По результатам работы комиссии подписан акт о соответствии ВПП нормам и требованиям, на основе которого Росграницей будет издан приказ об открытии воздушного пункта пропуска Череповец. Функции по содержанию и эксплуатации пункта пропуска Череповец с даты издания приказа ФГКУ Росгранстрой возлагаются на Санкт-Петербургский филиал.
